Nanocząstki polistyrenowe i ich właściwości epigenetyczne i genotoksyczne w ludzkich jednojądrzastych komórkach krwi obwodowej - PRELUDIUM-20 nr 2021/41/N/NZ7/02049 (dataset)

Abstract

Celem kolejnej części projektu było określenie wpływu krótkotrwałej ekspozycji niefunkcjonalizowanych nanocząstek polistyrenowych (PS-NP) o różnych średnicach 29, 44 i 72 nm na metylację DNA i ekspresję genów w jednojądrzastych komórkach krwi obwodowej człowieka (PBMC) in vitro. Komórki inkubowano z PS-NP w zakresie stężeń od 0,001 do 100 µg/ml przez 24 godziny. W pierwszym etapie przeprowadzona analiza obejmowała: całkowitą metylację DNA, metylację regionów promotorowych wybranych genów supresorowych (P16 (CDKN2A), P53 (TP53) i P21 (CDKN1A)) i protoonkogenów (CCND1, BCL2, BCL6) oraz profil ekspresji wskazanych genów za pomocą metody Real-Time PCR. Ponadto analiza z wykorzystaniem precyzyjnej metody chromatograficznej z detekcją mas 2D-UPLC-MS/MS pozwoliła na ocenę poziomu 5-metylo-2′-deoksycytydyny (5-mdC) i 5-(hydroksymetylo)-2′-deoksycytydyny (5-hmdC), a także poziomu 2′-deoksyurydyny (dU) i 5-(hydroksymetylo)-2′-deoksyurydyny (5-hmdU).

The aim of the next part of the project was to determine the impact of short-term exposure non-functionalized polystyrene nanoparticles (PS-NP) of different diameters (29, 44, and 72 nm) on DNA methylation and gene expression in human peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) in vitro. PBMCs were exposed to PS-NPs at concentrations ranging from 0.001 to 100 µg/mL for 24 h period. In the first stage the analysis encompassed epigenetic DNA modifications, including levels of 5-methyl-2′-deoxycytidine (5-mdC) and 5-(hydroxymethyl)-2′-deoxycytidine (5-hmdC), as well as the levels of 2′-deoxyuridine (dU) and 5-(hydroxymethyl)-2′-deoxyuridine (5-hmdU) by mass spectrometry methods, methylation in the promoter regions of selected tumor suppressor genes TP53 (P53), CDKN2A (P16), and CDKN1A (P21) and proto-oncogenes (CCND1, BCL2, BCL6), along with the expression profile of the indicated genes by real-time PCR assays.