Molekularne podłoże degradacji wybranych steroli u Mycobacterium smegmatis

Abstract

Badania, przeprowadzone w ramach niniejszej pracy, pozwoliły na dokładniejsze zrozumienie molekularnego podłoża degradacji steroli (cholesterolu oraz β-sitosterolu) przez szczep Mycobacterium smegmatis mc2155. Cholesterol wybrano jako przykład sterolu z nierozgałęzionym łańcuchem bocznym, β-sitosterol natomiast jako przedstawiciela grupy steroli z rozgałęzionym łańcuchem alifatycznym przy węglu 24. Ponieważ niewiele jest danych literaturowych, odnoszących się do genów związanych z degradacją łańcucha alifatycznego steroli, w pracy podjęto próbę określenia roli produktów genów fadD19, echA19, które sugerowane są jako zaangażowane w degradację łańcucha bocznego związków steroidowych. Mutanty M. smegmatis mc2155 (ΔfadD19, ΔechA19) uzyskano na drodze homologicznej rekombinacji, podczas której funkcjonalne geny zostały zastąpione genami nieaktywnymi, niosącymi wewnętrzną delecję. Usunięcie funkcjonalnej kopii genów fadD19, echA19 w mutantach typu DCO pozwoliło stwierdzić, że żaden z tych genów nie jest niezbędny dla wzrostu M. smegmatis mc2155 w warunkach in vitro. Następnie analizowano zdolności M. smegmatis mc2155 oraz rekombinantów ΔfadD19, ΔechA19 do degradacji cholesterolu, z użyciem metody chromatografii cieczowej sprzężonej ze spektrometrią mas (HPLC-MS/MS). Na podstawie uzyskanych wyników wykazano, że zarówno szczep M. smegmatis mc2155 jak i mutanty ΔfadD19, ΔechA19 zdolne są do wykorzystania cholesterolu jako jedynego źródła węgla i energii. Nie wykazano istotnych różnic w dynamice wzrostu oraz w tempie zużycia substratu przez mutanty ΔfadD19, ΔechA19 w odniesieniu do szczepu wyjściowego. Natomiast, dzięki skriningowej analizie chromatograficznej wyodrębniono różnice pomiędzy metabolitami, które powstały podczas degradacji łańcucha alifatycznego cholesterolu. Analiza chromatograficzna ekstraktów hodowli Mycobacterium smegmatis mc2155 oraz mutantów ∆fadD19, ∆echA19 z dodatkiem cholesterolu, wykazała obecność 3 nowych produktów pośrednich, które wyróżniały się wśród wszystkich analizowanych układów. Metabolity pojawiały się w hodowlach wszystkich badanych szczepów, przy czym ich ilość była zmienna w czasie. Ciekawą zależność odnotowano dla obu mutantów, w przypadku których dwa metabolity 21-węglowe z częściowo zachowanym łańcuchem bocznym (metabolit nr 2, metabolit nr 3), były obecne w większej ilości w późniejszych godzinach hodowli, w porównaniu do szczepu Mycobacterium smegmatis mc2155, co może wskazywać na opóźnienie procesu degradacji łańcucha bocznego tego sterolu przez mutanty ∆fadD19 i ∆echA19. W drugiej części pracy analizowano procesy degradacji β-sitosterolu przez szczep M. smegmatis mc2155 oraz skonstruowane mutanty: ΔfadD19, ΔechA19. Dodatkowo do badań włączono mutanty: ΔkstD1, ΔkstD2, ∆(kstD1-kstD2), ΔchoD, ΔhsdD, które były pozbawione genów kodujących enzymy zaangażowane w degradację struktury pierścieniowej cholesterolu. W przeprowadzonych doświadczeniach wykazano, że mutant ∆fadD19 nie jest zdolny do wykorzystania tego substratu jako jedynego źródła węgla i energii, co sugeruje, że produkt genu fadD19 może pełnić kluczową rolę w procesie degradacji łańcucha alifatycznego steroli z rozgałęzieniem przy C 24 u Mycobacterium smegmatis. Bezpośrednim potwierdzeniem zaangażowania FadD19 w początkowy etap degradacji β-sitosterolu była zdolność mutanta ΔfadD19 Mycobacterium smegmatis do degradacji 1,4-BNC (kwas 3-oxo-23,24-bisnorchola-1,4-dien-22-owy), który jest związkiem z częściowo zachowanym łańcuchem alifatycznym. Pozostałe mutanty były zdolne do degradacji β-sitosterolu, przy czym obserwowano różnicę w tempie zużywania substratu. W pracy monitorowano występowanie metabolitów pośrednich degradacji β-sitosterolu: 1,4-BNC oraz ADD (1,4-androstadien-3,17-dion). Dla mutantów ΔechA19, ΔkstD1, Δ(kstD1-kstD2) odnotowano istotne różnice czasowe w ilości występowania produktów pośrednich w hodowli. Może to wskazywać, że inaktywacja genu echA19 oraz kstD1 lub równoczesna inaktywacja kstD1 i kstD2 u M. smegmatis mc2155 spowalnia proces degradacji β-sitosterolu. Dodatkowo, przeprowadzona analiza jakościowa pozwoliła zidentyfikować nowy produkt pośredni degradacji β-sitosterolu, który był akumulowany w późniejszych godzinach hodowli mutanta ΔkstD1 M. smegmatis. Podczas analizy chromatograficznej degradacji β-sitosterolu najciekawsze wyniki uzyskano dla mutanta ΔfadD19 oraz ΔkstD1 M. smegmatis. Dla tych rekombinantów skonstruowano szczepy komplementarne. Ponieważ proces biodegradacji β-sitosterolu przez mutanty ΔfadD19:: PfadD19fadD19 oraz ΔkstD1:: PkstD1kstD1 przebiegał podobnie w porównaniu do szczepu M. smegmatis mc2155, stwierdzono, że zmiany w fenotypie mutanta ΔfadD19 oraz ΔkstD1 względem szczepu „dzikiego” wynikają bezpośrednio z faktu inaktywacji powyższych genów, a nie są spowodowane potencjalnym efektem polarnym na inne geny. W prezentowanej pracy wykazano po raz pierwszy, że produkt genu fadD19 pełni istotną funkcję w początkowym etapie degradacji β-sitosterolu u M. smegmatis mc2155. Dodatkowo, uzyskane wyniki pozwoliły również stwierdzić, że brak funkcjonalnych genów kstD1 oraz echA19 spowalniał proces degradacji β-sitosterolu u M. smegmatis mc2155.